100 ngày sau khi Phật hoàng Trần Nhân Tông về cõi niết bàn, lưng chừng núi bỗng thoang thoảng mùi thơm. Người vẫn nằm nghiêng dáng sư tử, một mầm trúc non xanh mọc xuyên qua đùi trái.
Việc Trần Nhân Tông lên Yên Tử tu hành đã để lại nhiều truyền thuyết và gắn chặt chẽ với những di tích, danh thắng nổi tiếng trên núi Yên Tử.
Tục truyền rằng sau khi vượt dốc vào Yên Tử, thầy trò Trần Nhân Tông tắm ở một dòng suối. Trưa hè oi ả, vua Trần đóng khố, nhoài mình nơi dòng nước trong xanh. Tiếng nước réo rắt hòa với tiếng chim rừng lảnh lót, hoa muôn sắc tỏa hương theo gió thơm ngào ngạt. Nhà vua trồng cây đa bên bờ để người sau có bóng nghỉ. Kể từ dịp ấy suối được đặt tên là suối Vua Tắm.
Thầy trò nhà vua tiếp tục lên đường đến một quả núi tròn như mâm xôi. Bảo Sái mở túi lục tìm cơm chay cho thầy mới giật mình sực nhớ là suất ăn đã đưa cho ba tên cướp ở cửa rừng. Vua Trần vui vẻ cùng Bảo Sái uống nước suối thay bữa rồi nằm nghỉ trên quả núi. Về sau, nơi đây dựng chùa mang tên Cấm Thực (không ăn), như thể khắc ghi hành động quên mình cứu độ chúng sinh của vị hoàng đế tu hành.
Khi Trần Nhân Tôn lên Yên Tử, vua Anh Tông vì không yên tâm đã sai cung tần mỹ nữ đi theo hầu hạ. Trần Nhân Tông khuyên họ trở lại triều đình hoặc quê cũ làm ăn, song các cung nữ đã trẫm mình xuống suối Hồ Khê để tỏ lòng trung trinh. Vua Trần xót thương, cho lập đàn tràng làm lễ giải oan những linh hồn cung nữ. Nơi lập đàn tràng sau dựng chùa Giải Oan và suối Hổ Khê được đổi cùng tên từ thuở ấy.
Truyền thuyết còn kể rằng niên hiệu Long Hưng thứ 16, ngày mồng 5 tháng 10, chị gái của vua Trần Nhân Tông là công chúa Thiên Thụy cho người lên núi, tâu rằng: “Công chúa bệnh tình nguy kịch, muốn được trông thấy điều ngự lần cuối”. Trần Nhân Tông liền chống gậy xuống núi, chỉ có một người đi theo.
Ngày mồng 10 tới kinh đô, ngày 16 dặn dò xong lại trở về núi. Trên đường về, người như linh cảm thấy số mệnh mình nên đã qua một số chùa để giã từ tăng hữu. Tối ấy, người nghỉ chân ở chùa Siêu Loại, huyện Thuận Thành, Bắc Ninh. Sáng hôm sau, người đi đến chùa Cổ Pháp, huyện Nam Sách, Hải Dương.
Ngày 17, người nghỉ chân ở chùa Sùng Nghiêm, huyện Chí Linh, Hải Dương. Ngày 18, người đến chùa Tú Lâm gần đó. Thấy đau đầu, người liền nói với hai nhà sư Tử Nan và Hoàng Trung rằng: “Ta muốn lên am Ngoa Vân, nhưng chân không bước nổi, biết làm sao đây?”. Hai nhà sư thưa: “Đệ tử xin hết sức giúp đỡ”.
Tới quá chiều vua Trần mới lên được đỉnh núi Ngoạ Vân. Đây là ngọn núi cao nhất vùng thuộc làng Yên Sinh, huyện Đông Triều, quê gốc họ Trần. Trong thời gian tu ở Yên Tử, Trần Nhân Tông đã cho lập một am ở đây, đặt tên là Ngọa Vân (nằm trên mây), từ đó thành tên núi. Đôi khi người dừng chân đọc sách và tham thiền, nên đã có lối mòn đi tắt sang Yên Tử. Trần Nhân Tông cảm ơn hai nhà sư và bảo: “Thôi xuống núi ngay đi, chăm chỉ việc tu hành, chớ coi sinh tử là chuyện chơi”.
Ngày 19, Trần Nhân Tông sai người hầu là Pháp Không lên núi Yên Tử gọi là Bảo Sái. Bảo Sái tới suối Doanh, trông thấy một đám mây đen từ phía Ngoạ Vân bay qua núi Lỗi, đến suối thì nước dâng cao mấy trượng rồi lại phẳng lặng như thường. Bỗng thấy hai con rồng, đầu to như đầu ngựa cùng nghển cổ lên cao đến một trượng, hai mắt sáng như sao, một lúc thì biến mất.
Ngày 21, Bảo Sái tới Ngọa Vân. Trần Nhân Tông cười nói: “Ta sắp đi đây, sao ngươi tới muộn thế? Trong pháp thuật có chỗ nào chưa hiểu thì hỏi ngay đi”.
Mấy ngày liền, trời đất tối tăm, gió gào dữ dội, mưa như trút nước. Bỗng đêm ngày mồng Hai, rạng ngày mồng Ba tháng 11, trời quang mây tạnh. Vua hỏi: “Giờ này là giờ gì?”. Bảo Sái thưa: “Bây giờ là giờ Tý”. Vua đẩy cửa sổ ra và nói: “Giờ của ta đó!”. Nói xong, người nằm dáng sư tử, rồi tịch ngay trong am trên núi. Đó là ngày mồng Ba, tháng Mười một, năm Mậu Thân (1308). Trần Nhân Tông hưởng thọ 51 tuổi.
Có sự tích còn kể rằng trước khi tịch diệt về cõi niết bàn, người bảo mọi người hãy xuống núi, sau đúng 100 ngày mới đến được đến gần, thấy núi thơm thì hãy hỏa táng thi hài, nếu không thì thôi. Mọi người tuân theo, đúng 100 ngày sau tới lưng chừng núi đã thấy thoang thoảng mùi thơm. Người vẫn nằm nghiêng dáng sư tử một mầm trúc non xanh mọc xuyên qua đùi trái.
Đời sau còn lưu luyến trong dân gian bài thơ về hình ảnh trên, trong đó có câu: “Thân Tổ nằm nghiêng, trúc một mầm…”. Tuyên theo di chúc, Pháp Loa đã hỏa thiêu thi hài người, sau đó lấy tro viên thành một ngàn viên xá lỵ, một số đưa về táng ở cung vua, một số táng ở vườn Huệ Quang trên Yên Tử.
(Tạp Chí Thăng Long – Hà Nội nghìn năm)